Biogemma assure la traçabilité de ses travaux de recherche grâce à Talend Open Studio

Accompagné par l'intégrateur BioSolution, le leader européen de la recherche en biotechnologie végétale a mis en œuvre la solution d’intégration open source de Talend pour résoudre diverses problématiques de conformité, de traçabilité, de propriété industrielle et de contrôle qualité, tout en améliorant sa productivité


SURESNES, le 20 juillet 2009 – Talend, leader reconnu des solutions d’intégration de données open source, annonce aujourd’hui que Biogemma, seule entreprise européenne de recherche en biotechnologies végétales développée et financée par le monde agricole, a consolidé plusieurs applications au sein d’un système unique de gestion de laboratoire afin de faciliter la traçabilité des échantillons ; la gestion des utilisateurs, des instruments, des stocks, des approvisionnements fournisseurs ; la saisie des prélèvements sur le terrain. BioSolution, partenaire « Gold » du Talend Alliance Program, a accompagné Biogemma dans le développement et l’intégration du nouveau système.

« Biogemma cherchait à fédérer l’ensemble de ses processus de laboratoire, antérieurement gérés à l’aide de trois applications – des bases de données Oracle et Microsoft Access et des feuilles de calcul Excel, servant au suivi des activités » témoigne Guillaume Kerboul, Fondateur et Président de BioSolution. « Toutes ces données sont exploitées dans le cadre de travaux de recherche portant sur les gènes des plantes : analyses physiologiques et phénotypiques, étude des fonctions d’un gène, sélection de plantes, etc. Elles émanent à la fois des études de Biogemma et du domaine public, et sont particulièrement nombreuses puisqu’elles décrivent environ 200 000 plantes produites dans les dix dernières années et environ 10 000 gènes ou séquences. Une trentaine de caractéristiques permettent de décrire chaque élément (nom, références bibliographiques, séquences d’ADN, informations sur les fonctions des séquences, etc.). »

La fusion de ces applications devait s’accompagner d’une reprise des données historiques couvrant une période de 10 ans. Compte tenu de la croissance exponentielle de ces informations, les applications précédemment développées en interne montraient leurs limites, tant en termes de montée en charge que de performance et de fiabilité. BioSolution a proposé à Biogemma de s’appuyer sur Talend Open Studio pour organiser la migration et la reprise des données, puis créer des traitements semi automatiques. Les arguments mis en avant par BioSolution étaient multiples : facilité de prise en main et de développement (interface graphique), maîtrise des coûts, rapidité de développement, compatibilité avec les langages Perl et Java très utilisés au sein de Biogemma.

Au-delà de la reprise des données historiques, BioSolution s’est appuyé sur Talend Open Studio pour générer du code Perl, afin notamment de traiter des fichiers Excel, de générer automatiquement des données et de les intégrer pour des analyses statistiques. Ce système de reporting aide les scientifiques à analyser l’activité sous l’angle statistique via des extractions de données.

Productivité, développement rapide, qualité
Au-delà des gains de productivité déjà évoqués, BioSolution souligne plusieurs bénéfices offerts par la solution d’intégration de données open source de Talend : d’une part des temps de développement optimisés, qui ont par exemple permis de migrer les données des anciennes applications en moins de 7 semaines. « Avec des scripts manuels, nous aurions eu besoin d’au moins 4 à 5 mois pour parvenir aux mêmes résultats, mais avec moins de garanties de qualité » affirme Guillaume Kerboul. « Justement, la qualité accrue des travaux symbolise le second bénéfice majeur obtenu grâce à Talend : aujourd’hui, nous avons l’assurance que les données sont fiables et les risques d’erreur sont totalement maîtrisés. »

L’outil est désormais en production chez Biogemma et répond parfaitement aux demandes exprimées à l’origine du projet : traçabilité, rapidité, extractions aisées des informations et analyses. « Le projet est une réussite et ce n’était pas gagné d’avance : de nombreux utilisateurs pensaient au début du projet que la reprise de la totalité des données était impossible ! Et pourtant nous y sommes parvenus » conclut Guillaume Kerboul. « L’une des clés de cette réussite réside à mon goût dans le temps que nous avons passé avec les utilisateurs finaux, afin de vérifier et de tester les jobs. De plus, Talend nous a aidé à résoudre d’importantes problématiques sémantiques en homogénéisant les données via des fonctions de dédoublonnage et de qualité de données. D’autres projets d’intégration de données sont aujourd’hui à l’étude : Biogemma exploitant plus de 150 applications et 70 bases de données, le nombre de projets potentiels est important. Et avec Talend, nous avons la garantie d’atteindre nos objectifs. »

A propos de Biogemma
Biogemma est aujourd’hui la seule entreprise européenne de recherche en biotechnologies végétales développée et financée par le monde agricole. Elle réunit à la fois des spécialistes de l’amélioration des plantes et des représentants des grandes filières végétales françaises : les groupes coopératifs Limagrain et Euralis, et les sociétés RAGT, Sofiprotéol et Unigrains avec son institut technique Arvalis. Biogemma s’appuie sur deux centres de recherche en France et plus de 80 chercheurs et techniciens spécialisés dans le génie génétique, la biologie cellulaire et moléculaire, la bioinformatique, la génomique structurale et fonctionnelle, la physiologie végétale et la pathologie, partageant tous une ambition commune : améliorer les plantes pour faire progresser l’agriculture.

A propos de BioSolution
Créée en 2006 et installée au cœur de Génopole® à Evry, BioSolution apporte conseils et solutions aux sociétés de biotechnologies désirant mettre en place des solutions informatiques au sein d’équipes de recherche et favoriser ainsi l'innovation. La société s'appuie sur une expertise large du monde des biotechs, ainsi qu'un réseau de partenaires spécialisés, capable d'agir rapidement sur des problématiques précises. BioSolution possède notamment une forte expérience dans le suivi du flux de données biologiques, depuis leur acquisition ou production au laboratoire, jusqu’à leur traitement et leur exploitation. Pour plus d’informations : www.biosolution.fr .

A propos de Talend
Talend est le leader de l’intégration de données open source. Plus de 500 clients payants issus de l’ensemble du globe, incluant Yahoo!, Virgin Mobile, Sony et Swiss Life, s’appuient sur la gamme de produits et services Talend Integration Suite pour optimiser les coûts des projets d’intégration de données, d’ETL et de qualité de données. Avec plus de 4 millions de téléchargements, dont 900 000 pour le "core product" Talend Open Studio, les solutions d’intégration de données de Talend sont les plus utilisées et les plus déployées au monde. La société est présente en Amérique du Nord, en Europe et en Asie, et s’appuie sur un réseau mondial de partenaires. Pour plus d’informations : www.talend.com .